Gil Magalhães nasceu no Porto em 1974, tendo iniciado os estudos musicais com o seu pai, José Magalhães, aos 9 anos. Optou pela flauta transversal aos 13 anos, ingressando no Conservatório de Música do Porto e concluindo três anos mais tarde o curso de flauta na classe do professor Olavo Barros. Licenciado em Flauta Transversal na classe do professor Eduardo Lucena, na Escola Superior de Música e Artes do Espetáculo, concluiu a sua licenciatura com elevada classificação. Atualmente, no âmbito do curso de investigação conducente ao grau de Doutor em Performance Musical na Universidade de Aveiro, prepara a sua dissertação de tese de Doutoramento.
Vencedor nas edições de 1988 e 1990 do 1ºPrémio Regional nos concursos da “Juventude Musical Portuguesa”, obteve também o 1º lugar nos concursos para a “Orquestra Sinfónica da Juventude Luso Francesa”, “Orquestra Portuguesa da Juventude”, “Orquestra Sinfónica das Escolas de Música” e “Orquestra Regional do Norte”. Foi flautista convidado na” RÉGIE SINFONIA” – Orquestra do Porto, tendo colaborado com outras formações orquestrais e camerísticas. De 1993 até 2004 foi flautista da Orquestra do Norte, 1ª flauta solista “A” desde 1998, na qual realizou, durante este período, mais de 1000 concertos em Portugal, Espanha e França, tendo realizado vários concertos como solista.
Trabalhou com maestros de nível mundial tais como: Kristof Penderecky, Enrique Bátiz, Leo Brower, Roland Mélia, James Tuglle, e intérpretes como: Patricia Kopachinskaya, Eduardo Isaac, Duo Assad, Michel Lethiec, José Carreras, Andrea Bocelli, Scorpions, Gary Hoffman, Rui Veloso, Luís Represas, Rao Kiao, entre outros. Participou na gravação de emissões para a RTP, SIC, Antena 2, bem como na diversa discografia da Orquestra do Norte. Em 2003 recebeu o convite do Maestro Enrique Batiz para, na qualidade de Flautista Co principal, integrar a Orquestra Sinfónica do Estado do México, na temporada 2004. É desde 2008 1º Flauta da Orquestra da Universidade do Minho. Foi júri convidado no IV Concurso Nacional de Instrumentistas de Sopro “Terras de La Salette”, no I Concurso Nacional de Sopros do Alto Minho e no VI Concurso Nacional “Paços Premium”.
Foi Maestro/Diretor Artístico da Banda de Música da Associação Recreativa, Cultural e Musical do Concelho de Sabrosa de 1993 a 2004. De 2004 a 2012 foi Maestro/Diretor Artístico da Sociedade Artística -Banda de Música de Vale de Cambra. É professor de Flauta Transversal, Técnicas de Interpretação e Música de Câmara no Departamento de Música do Instituto de Línguas e Ciências Humanas da Universidade do Minho, na Academia de Música Valentim Moreira de Sá em Guimarães, e no Conservatório de Música e Escola Profissional de Artes da Jobra – Branca.
Actualmente é Maestro da Banda de Arcos de Valdevez.